しながわ水族館は本館（１Ｆの海面フロアと地下１階（Ｂ１Ｆ）の海底フロア）とあざらし館の二つに分かれています。
●本館１Ｆ海面フロア
しながわ水族館の１Ｆはイルカ・アシカスタジアムやペンギンランドをはじめ東京都周辺のお魚がたくさんいます。
1 東京湾に注ぐ川
2 東京湾の干潟と荒磯
3 品川と海
4 潮の満ち干と生物
5 ペンギンランド
6 イルカ・アシカスタジアム
7 海の素顔
8 群れを作る魚たち
9 大海原へのいざない
10 東京湾に棲む生物たち
●本館Ｂ１Ｆ海底フロア
しながわ水族館のＢ１Ｆはにはゴマフアザラシやシャークホール、トンネル水槽などいろいろなお魚や海の生物を見ることができます。
11 トンネル水槽
12 冷たい海の魚たち
13 カメら君の海中散歩
14 音を出す魚たち
15 クイズコーナー
16 ふれあい水槽
17 海の宝石箱
18 世界の大河から
19 珍しい魚たち
20 アシカ“海のライオン”
21 共生水槽
22 海の楽園
23 イルカの窓
24 シャークホール
●アザラシ館は平成１８年７月にオープンした大型水槽で、アザラシのトンネル水槽は日本初ということです。
25 アザラシ館